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十多年的税收信息化建设历程证明，信息化手段和理念是新税制得以顺利实施的重要推动力。随着实践的深入，我国税收信息化的应用层次逐步提高，即从局部的信息化向全局的信息化发展，由基层的信息化向决策的信息化发展。信息化建设已经具有了一定规模和基础，综合征管、增值税、出口退税三大关键业务系统都实现了信息化管理。与此同时，我国的税收信息化建设也开始出现了一些问题，主要体现在：
系统林立、标准不一，数据共享程度不高。金税工程和中国税收征管信息系统都在全国统一应用，但二者之间互不兼容。与此同时，几乎每一省市都在开发应用基于税收征管业务的征管软件和基于行政管理的办公自动化系统，不仅增加了运营、维护和服务成本，而且给税务机关、税务人员等带来了很大不便。
资源利用效率低下。目前税务部门的硬件配置日益现代化，但设备和信息的利用程度与使用效益却很低。一些基层税务部门计算机的应用水平仅停留在税务登记、纳税申报、税款征收、发票管理及税收会计核算等初级阶段，信息系统的强大管理功能、分析功能、数据处理、交换功能和监控功能远未发挥出来。
欠缺与信息化建设相匹配的管理创新。基层税收部门信息数据采集的随意修改性仍然很大，对完整、准确、即时采集数据的功能重视不够，从而形成了大量的垃圾数据及信息孤岛；缺乏以涉税经济信息管理为基础的行政管理、行政执法及决策支持；税务机关的信息数据采用的是手工输入微机的办法，由于现在的办税窗口服务是登记制而非审核制，致使信息资料可信程度不高。
进度不均衡。从地区看，经济发达地区快于欠发达地区；从系统来看，国税系统快于地税系统。
目前我国的税收信息化需要结合税务行业的特殊性以及信息化的运行规律，按照可持续发展理论和科学发展观的要求加以改进、完善。笔者提出以下建议：
创新管理理念。深刻理解税收信息化的基本内涵，纠正“重建设、轻管理”、“重投资、轻维护”、“重流程、轻数据”等认识上的偏差，重视信息化对税收管理方式、内容及运作程序等多方面变革的要求。树立全局的观念，坚持系统化整体推进的指导思想，把税收信息化纳入到整个社会信息化发展的背景中加以统筹规划。明确技术与业务的关系，应充分发挥信息技术的能动作用，实现业务管理与技术保障的有机统一。应突破局域网的限制，完善“总局—省局—地市局—区、县局—科、所”的纵向网络，建立税务、银行、工商、等部门的信息互联网络。
搭建高质量的数据平台，强化对数据的管理和利用。一方面应研究制定严格的数据管理制度，加强对数据的维护、管理、分析与利用；另一方面，在区市的税务机关设立数据管理中心，具体负责信息系统的数据规划，制定相应的规章制度，监督数据采集、加工的全过程，数据采集应遵循原始、真实、准确的原则，以电子方式在业务发生的源头进行。在此基础上，吸纳外部有价值的数据信息，运用数据仓库、数据挖掘和多维分析等先进技术，提高数据的利用程度，逐步实现涉税信息的一次采集、共享使用。
整合信息资源。对制度、业务、硬件资源等进行整合，以代码标准、数据标准、接口标准为基础，融合现有的应用系统，将各类信息资源合理配置起来为税收管理服务，实现部门、应用系统和设备之间的有效协调，进而形成现代化的税收信息化应用格局。此外，应通过数据直连或功能直连方式，统一应用软件和操作平台，实现主体应用系统的总局和省级两级数据集中处理，同时也应将地税系统的信息化建设纳入进来，以缩小地区之间以及国、地税系统之间的信息化差异。
加大信息人才的培养、引进力度。应完善培训制度，尤其是有针对性的培训，使其熟练掌握各种操作技能，改善现有税务人员的知识结构，促进税务人员综合素质的普遍提高；在培养和造就自有专业人才的基础上，引入专家机制，借助于外部力量来推动税收信息化的发展。
建立、健全以计算机网络为依托的监督制约机制。应丰富监控信息资源，逐步建立和完善日常监管系统，除对纳税人是否按时办理有关涉税事宜进行监控、对纳税人提供的资料进行逻辑审核外，监控的内容还应包括纳税申报的总体状况，纳税人的分布结构及变动情况、税收征管各环节之间关系以及各级税务部门的税收完成情况等。此外，在金税工程三期建设中，应将人事管理、行政管理、财务管理等内容纳入信息化覆盖范围。