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网络经济不仅提供了集信息流、物流和资金流于一体的商务交易模式，而且带来了经济结构和运作方式的变革。这种变革直接导致了企业会计信息系统和会计核算方式的变革，也对以会计信息系统为客体的税务稽查产生了极大影响。
一、税务稽查环境的改变。网络技术和电子商务使企业内部的经营管理发生了质的变化，企业运作由计算机信息系统按先进的管理模式进行控制与管理，企业经营管理走向网络化和自动化。网络技术和电子商务也带来了一种前所未有的企业——没有经营地点、没有物理实体的虚拟企业。这些企业只要在INTERNET上租用一定的空间，通过数字认证机构的认证，即可在网上接受订单、寻找货源、进行买卖。随着电子商务的网络化经营发展和虚拟公司的出现，网上实体通过网络将成百上千的人联结在一起工作，他们可根据业务的需要自由重组。企业与企业之间的关系，可以是投资融资关系、技术协作关系和购销关系等，即使这些企业间的关系是松散型的，也可以通过网络在很短的时间内，以网上协议的形式整合成企业联盟，也可以在很短的时间内解散联盟。这些交易模式、经营管理结构、组织结构等环境的变化使税务稽查环境发生了巨大变化，稽查人员必须了解和适应这种变化。
二、税务稽查范围的改变。在传统的税务稽查中，税务稽查范围要依据不同的税务稽查对象和稽查目标来确定。总的来看，税务稽查范围较狭窄、封闭。而在网络技术和电子商务条件下，企业会计信息系统已经成为一个广阔开放的系统，会计信息处理处于一个开放的空间范围，涉及交易关联方的各个方面。同时，由于其资源的共享性，能访问会计信息以及接触会计信息的人可能涉及整个网络用户。网络用户尤其是使用上市公司信息的用户，出于不同的动机，可能采取恶意操作，增加了网上行为的控击难度。因此，承担不真实以及非法数据的责任人就不能局限于被稽查单位，交易双方以及相关的社会公众都将被延伸列入税务稽查范围。总之，电子商务活动中的任何一项税务稽查业务，都是建立在互联网平台之上的，税务稽查活动面向网络，可见网络税务稽查的范围已被大大拓宽。
三、税务稽查线索的改变。在税务稽查工作中，稽查人员是通过跟踪稽查线索，审核有关经济业务和收集稽查证据的，稽查线索十分清楚。但是在网络技术和电子商务条件下，传统的稽查线索完全消失，代替纸质凭证、账簿和报表的是电子化的会计信息，这些信息不再是肉眼所能直接识别的，可能被删改而不留下痕迹，这大大增加了稽查的难度。如果会计系统被人为地进行规划，可能到税务稽查时只留下业务处理的结果，而不能追溯其来源。
四、安全控制的改变。根据新《税收征管法》第五十九条规定，税务机关在进行税务检查时，有责任为被检查人保守秘密。传统的税务稽查中，可以通过对企业纸质资料进行安全保密控制。在电子商务环境下，传统的会计岗位职责被打破，内部控制制度发生了变更与转移，安全已不是企业内部所能完全控制的。以数据库为基础的实时稽查，使税务稽查日益复杂化。
五、税务稽查技术的改变。税务稽查技术方法是为了实现稽查目标，在对被审单位实施稽查过程中所采用的各种手段。企业在网络化经营中，由于会计数据电子化和会计控制的局部程序化，直接造成了稽查线索的“不可见性”。这样，网络税务稽查必须完全依赖于计算机和交互网络。在网络税务稽查中，稽查人员利用税务稽查接口软件来获取原始数据，利用抽样软件来进行样本抽取，利用稽查分析软件进行各种数量关系的配比分析和数据查询。由此可见，网络下的税务稽查技术方法，已大大突破了原有的稽查技术方法。
六、税务稽查主体素质的改变。税务稽查主体是指实施税务稽查的执行者，也就是税务稽查机构和税务稽查人员。在网络税务稽查中，对稽查人员的综合素质提出更高的要求和标准。税务稽查人员应该是一种复合型、全方位人才，不仅要具备一定的法律知识、现代税务稽查理论和税务稽查技能，还要具备一定的现代信息技术、计算机网络知识和现代商贸理论，并能熟练地掌握计算机硬件、软件的操作和维护技术。更为重要的是，由于高新技术的快速发展和知识的不断更新，税务稽查人员应该具备终生学习和不断创新的能力，以适应网络税务稽查发展的需要。