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生物技术产业是典型的高风险产业，如何进行风险控制是其能否成功进入的关键。一般来说，投资生物技术产业的风险主要表现在以下几个方面：
生物安全性风险：随着生物技术产业的发展，越来越多的生物技术产品走向市场，生物安全性已成为世界普遍关注的问题。例如：对于转基因植物的环境安全性，其核心问题是转基因植物释放到田间后，是否会将所转基因移到野生植物中，是否会破坏自然生态环境，打破原有生物种群的动态平衡。对于转基因食品的安全性问题，则由于疯牛病事件一时引起了人们的广泛关注，英国首相最近公开承认，转基因植物和食品对人类健康和环境存在潜在的危害。而对于科学界看好的基因治疗方法则由于美国国家卫生研究院近期首次曝光6名冠心病患者在接受基因治疗时的死亡事件而面临停滞的风险。另外，关于克隆人、基因歧视等道德问题也一直是人们争论的热点问题。
产品开发风险：由于存在上述生物安全性的问题，并且生物技术产品大多与入类自身息息相关，所以生物技术产品的开发除要承担前期巨大的研究开发费用外，还涉及主管部门多道环节严格的审批手续，例如新药上市过程中需要经过临床前研究、临床研究、新药证书申报、试生产申报等多道环节，其中任何一个环节都很关键，另外某些生物技术产品还具有“两重性”，即使已经上市也可能在使用过程中出现不良反应而需要重新评价。因此，一个生物技术产品的开发成功率仅有10%左右。
市场竞争风险：生物技术产品尤其是药品的销售及广告活动在我国受到严格的管制，销售渠道单一，销售人才也十分缺乏，一些销售能力薄弱的上市公司特别是一些非制药类公司在介入生物医药行业后，注住无法打开市场，最后又被迫退出，这样的例子近年来发生了不少。另外，由于适应同一病症的生物技术产品很多。同类产品间的竞争激烈，企业开发的新产品必须迅速进入市场并获得利润才能转化为生产力，高科技的技术发展性决定了一项产品如果不能及时进入产业化运作，很快就会面临被新产品替代的危险，这些都加大了市场风险。
知识产权风险：目前企业开发的基因工程药物大多为仿制，一方面部分产品的专利己接近保护期限，保护期结束意味着极度市场竞争，另一方面这些药品还有专利的真实性嫌疑，这一问题在我国加入WTO后将更加突出。
由于存在上述风险，因此对于非生物、医药类公司而言，跨行业投资生物技术产业必须解决好下述三个方面的风险控制问题：
选择适当的投资模式：采用不同的资本运作方式进入生物技术产业，其带来的风险是不同的。企业投资生物技术产业，需要在是采用新建生物技术企业的方式还是采用收购现有生物技术企业的方式，是通过股权投资直接进入的方式还是通过参股风险投资间接进入的方式等方面作出选择。尤其是由于上市公司与目标企业之间的信息不对称，就更需要经过慎重选择来化解选择风险。
选择适当的投资领域：生物技术产业的不同领域，技术发展和市场需求的层次不同，选择前景广阔的领域是保证成功的重要环节，这就需要根据公司自身的人才储备和市场开拓能力，甚至借助外脑来合理选择，从而降低市场风险。
选择适当的介入时期：对于生物技术产业来说，处于开发阶段或种子期的项目其技术风险大，而成熟的项目又必然导致进入壁垒降低，从而增长其市场风险，企业必须权衡利弊，选择适当的介入时期。
投资价值
目前来看，由于生物技术产业在我国尚处于初级发展阶段，相关企业产品规模和盈利水平并不高，绝大部分甚至还处于亏损阶段，其大量的投资主要花费在研究开发上，价值也大多蕴含在知识产权、人力资本等无形资产中，因此如果照搬传统的方法来分析评价生物技术企业或项目，则极易于失去良好的投资机会。
我们认为，在评佑我国生物技术企业投资价值时，应重点考察如下几个方面（当然在资本市场上题材的新颖性和独特性也是不容忽视的一个重要方面）：
产业相关性：由于生物技术，特别是生物制药行业壁垒高，那些既没有行业背景，又没有可供长期利用的技术资源，仅仅是利用在融资方面的优势盲目介人生物制药领域的上市公司，其前景是值得担忧的。对于跨行业投资生物技术的公司，与那些原届医药行业后投资介入生物技术产业或以生物技术起家的公司相比，在技术能力、营销渠道、人力资源等方面均存在着不小的差距。
研发和创新能力：对企业来讲，在基础研究或初级科研成果基础上的应用开发是技术领先的核心。目前我国的研究力量集中在高校及专业科研机构，企业的研发能力普遍较弱，这正是现已上市的基因工程药品多家仿制、市场恶化的主要原因。能否迅速强化自己的研发能力是评估企业价值的重要指标，不少公司单靠收购某一产品介入生物技术产业而无自己的研发力量的模式是没有生命力的。
主导产品竞争力：包括几个方面：①市场规模，产品适应症的患者群体大小、用药量和用药时间长短、同功效其他药品的多少，这些因素决定了产品的市场规模，EPO、G—CSF等产品市场规模巨大，生产该类产品的企业只要具有成本竞争优势，发展机会和空间就会较大。②发展前景，小脑血管疾病、恶性肿瘤、糖尿病以及抗病毒类生物药物市场增长较快，而且持续增长全间也比较大，前景最看好。②产品在国内上市的时间，虽然大部分产品属于仿制国外产品，但由于存在相关保护政策，现状仍然是第一家注注会在两、三年内获得极高的利润，步人后尘者很难获利。
资金实力：生物技术产品前期研发投入大，周期长，从实验室研究、小量试制、中试、临床试验、获得新药证书而进入试生产，直到正式生产一般需7—10年，最快也需3—5年，而且在新产品上市初期还需较多的营销费用投入，这对企业的资金实力是个很大的考验。因此，评价一个企业的资金实力，不仅应看其一次性投入资金的多少，更重要的是看其持续投入资金能力的大小。