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实行企业领导人员任期经济责任审计制度，是加强对企业领导人员管理和监督的有效途径，但在执行中存在以下主要问题亟待解决：
一、审计内容不完整。
审计的内容基本上仍是资产、负债和损益审计，对科技进步、安全投入等涉及企业后劲方面内容没有涉及，不能全面反映领导人员任职期间的经营业绩，更不能体现现代企业对有战略眼光的企业领导者综合素质的要求，进而影响审计评价的合理性。
二、“先离后审”难以达到审计应有的效果和目的。
现行的企业任期经济责任审计有关文件规定，对企业领导人员因任期届满、提拔、调动、免（辞）职及离（退）休等离开工作岗位前，应当对其进行离任审计，未经审计不得离任；特殊情况先离任后审计的，未经审计不得解除其任职期间的经济责任。但实际工作中。多数情况是先离任后审计，离任者升迁去留极少受审计结论的影响，使经济责任审计难以发挥“审事议人”的作用。
三、审计过程中普遍存在“配合难”问题。
一是因为经济责任审计时间长，调查取证多，被审计单位担心影响正常工作，所以配合不够积极主动二是审计往往是被审计人离岗后进行的，被审计人很难配合好；三是现任者存有避嫌心理，又事不关己，能避之最好。为此，审计人员对“风险——成本——效率”的关系很难处理，增加了审计风险。
四、审计结论难以体现企业领导人员的真实情况，影响了审计评价的公正性。
由于前述原因，导致审计工作结束后难以作出公正的审计评价，出现组织部门左右为难、企业职工议论纷纷等反常现象，降低了审计威信。
笔者认为，要发挥经济责任审计的作用，应在以下几个方面加以改进：
一、审计内容既要全面，又要突出重点
企业领导人员任期经济责任审计不同于其他审计，它是一项综合性审计，由于企业领导人员任期往往跨度较长，所管理的范围又涉及到企业生产经营的方方面面，这就决定了任期经济责任审计内容的全面性，涉及财务、法纪、管理和效益等方面，这就要求审计讲求科学性，涉及到自己不熟悉的行业领域，要虚心请教，可邀请生产、技术等方面专家共同参与审计与评价。
二、合理选择审计时机
经济责任审计必须取得组织人事部门的配合，努力做到先免职、后审计、再调任。同时，经济责任审计又覆盖了财务收支审计和经济效益审计的内容、要善于汇总、利用任期各年度的审计资料，以缩短领导干部任期全过程经济责任审计的工作时间。提高审计效率。
1.在准备阶段，应要求被审计企业在规定时间内做好资产、负债和损益自查工作，着重做好存货盘点和债权债务的清理核对工作，按时间审计组报送自查材料，离任者必须递交内容完整的书面述职报告。
2.在实施阶段，应要求被审计企业领导人员对任职期间会计资料的真实性、完整性作出书面承诺；对资产进行实地抽查盘点，对债权债务进行抽查核对；必要时开展不同形式的座谈会和审计调查。
3.在报告阶段，审计报告初稿形成后应征求被审计企业，特别是离、接任领导的意见，在此基础上再进行修改定稿。审计部门可在审计意见和审计决定送达后，选择合理时机回访，既督促被审计单位落实审计结论，又以此改进审计工作。
四、审计评价要重点突出，客观公正
经济责任审计评价应突出以下重点：一是财务活动评价，即对整个任职期间的财务状况和经营成果的真实性、合法性进行评价。二是效益评价，即在通过对损益指标（如毛利率、资本贡献率等），人力消耗指标（如劳动生产率、全员劳动生产率等），物力消耗指标（如固定资产完好率、主要设备利用率等）等指标的计算、分析、对比，判断企业的经济效益是否达到了经营目标。三是长期盈利能力的评价，包括生产设备的更新改良率、新技术的开发等。四是责任人领导水平的评价，重点评价企业的内控制度是否健全有效，前任遗留的问题是否得到了妥善解决。是否存在重大决策失误等。