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任期经济责任审计是直接针对经济责任人的，而经济责任人是一定层次的党政机关领导干部和企事业单位主要领导人员，其评价或结论直接影响任用或升迁问题，非常敏感。如果存在以权谋私，违纪违规或严重经济犯罪问题，而审计结论中没有反映出来，将给国家、社会和单位造成损失；或者虽不存在上述行为仅审计结论出错，又会挫伤其工作积极性。这两种情况均会使审计主体承担风险和责任。
l、法律、法规的不完善致使审计涉及的效益性和任期责任难以判定。当前，我国有些法律法规出台相对滞后，在审计过程中遇到新情况新问题时，出现无法可依的情况，使得有些问题难以认定。再者，一些地方和行业系统的“土政策”与国家法律法规不相一致，甚至出现“撞车”现象。在具体的操作中，如果按照国家法律、法规处理，被审计单位及被审计人员难以接受；如果按地方或行业系统规定处理，则可能存在明显的有法不依的问题。特别是在认定被审计个人经济责任时，将会处于僵持的境地。这些无疑都将加大审计风险。
2.有意识的舞弊行为和手法变幻使隐蔽性增强。在一般情况下，无意识的财务、会计信息资料差错较容易发现，也容易纠正，影响较小。而有意识的舞弊手法隐蔽性较强，甚至隐含着严重的经济犯罪问题，审计人员难以发现，其所产生的影响较大，所带来的审计责任更大。
3、机关单位与三产关系的复杂化，含有许多不稳定因素。有些党政机关在前几年兴办了一些经济实体，至今没有完全脱离机关的管理，在经济上存在一定的牵连或保持着紧密联系。
4.任期经济责任审计对象和审计对象所在单位的复杂性和审计内容的广泛性使得内审部门难以做出全面、客观、合理的评价。任期经济责任审计对象是所属单位领导干部，其经济责任是与其所在单位情况联系在一起的，对所在单位的财政财务收支和有关经济情况搞不清，就难以进行经济责任评价；而对个人经济责任进行评价又需要界定清楚个一人责任？界定个人经济现任又涉及到历史的与现实的、主观的与客观的、自主决策与集体决策以及环境等因素，个人经济责任难以准确界定清楚，其中自然包含较大的审计风险。
5.受审计环境的影响。（1）法律规定内审部门在一定的程度上独立行使审计监督权，但内审部门在业务上需接受上级审计机关指导，而在行政上受单位行政首长领导，这种双重领导体制使得内审部门在某些方面很难做到独立依法审计监督。（2）内审部门根据单位内部组织人事部门要求，在规定的时间内完成任期经济责任审计任务，若审计期间太短，则必然影响审计任务的完成，从而影响审计质量。（3）内审部门与单位内部组织人事和其他干部管理部门还没有建立起稳定的协调协作关系。对所属单位领导人员的任期经济责任审计，往往是先离任并任命，后审计，使审计工作处于被动局面，甚至造成有些问题无法进行审计。
6.审计人员自身因素导致的审计风险。在当前的审计队伍中，具备政治素质和业务素质“双高”的人才还偏少，审计人员知识结构单一，难以胜任新经济形势下的新任务。一是审计方法较原始，抽样方法应用缺乏经验；二是取得的证据不全、不充分，经不起推敲，只有经审计人员解释才能明白，如果进人行政诉讼程序，便难以有效；三是有时审计组不按规定认定账外费用及潜亏事实，即根据被审计人和被审计单位意见草率出具报告，难免形成审计风险。
内审部门作为单位的一个部门，必须接受单位负责人的领导，与国家审计机关或社会审计机构相比，其独立性较弱，这就使得其在一定程度上不能按照审计作业规律处理所遇到的各种复杂的审计事务，对审计范围和审计重点的确定及适当审计程序的选择造成一定的影响，从而给审计结论带来风险。
从总体上来看，上述审计风险的各种表现不外乎内部因素形成的风险和外部因素形成的风险这两个方面。内部因素是主动的，外部因素是被动的，要消除和降低这些审计风险，就必须关注内部因素的引导、改造和转化，使其成为防范审计风险的积极因素。