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替代性程序是指实施常规程序和补充程序后仍无法达到审计目标时所实施的其他替代审计程序。替代性程序是获取间接证据的，间接证据也就是“佐证”、“旁证”，是指不能直接证明经济业务的存在或发生，但能和其他证据联系起来，共同证明和确定经济业务存在或发生的证据。例如：注册会计师对应收账款审计一般首选函证方法，但目前函证回函率极低，无法获取必要的审计证据。一般认为，只有应收账款等往来款询证不回函，才会实施替代性测试。实际上在实务中，替代性测试是可以广泛采用的。
以下是笔者的一些经验。
1.在货币资金审计中，如果被审计单位银行存款账面为零，理论上讲，是必须函证的，因为账面为零，可能还存在或有负债。在实际工作中，有的客户为了节约审计费用，不愿意函证，这时我们可以在专业分析判断的基础上，在人民银行查询系统中查询企业所有的开户行，取得该账户的“撤销银行结算账户申请书”或“银行销户货记凭证”予以确认。
而有的账户余额很小，也可以在分析账户的性质并检查银行存款日记账及记账凭证的基础上，如果能取得银行对账单的原件（盖银行业务公章），也可以确认余额的。
2.在银行借款审计中，从理论上讲，银行借款也是必须函证的，但是如果被审计单位内部控制健全并得到执行，也可以采用替代性测试。首先是取得银行货款卡，对被审计单位货款卡上显示的信息与账面记录核对，如有差异，再选择函证。如无差异，则取得所有借款及担保、保证合同，了解借款数额、借款用途、借款条件、借款日期、还款期限、借款利率及保证条款。其次是检查借款凭证、还款凭证，与货款卡显示的信息及借款合同是否相符。再次是检查会计记录是否完整，有无未入账的负债。这里有三点必须注意：一是根据短期借款的利率和期限，检查被审计单位银行借款的利息计算是否正确，如有未计利息，应做出记录；二是外币借款是否折算为记账本位币。因为外汇借款是以外币形式列示于货款卡的，期末汇率上调又有可能导致低估负债；三是检查期后还款记录以及财务费用中的利息支出，看有无未入账的或有负债；四是关注货款卡中列示的被审计单位对外担保的信息，询问并检查是否存在由其他单位担保或本单位为他单位担保事项。
3.在应付账款的审计中，一般来说对债务类项目函证，即使回函也难于达到理想的效果，因为如果被审计单位函证的金额大于客户账面金额，客户往往容易回函。
函证的目的只是证明经济业务的发生金额，弄不好还会成为客户诉讼的证据。这样替代性测试往往更有效，一是检查资产负债表日后应付账款明细账及付款凭证和银行对账单，核实是否已支付；二是检查该笔业务的凭证资料，核实交易的真实性；三是如果被审计单位的客户向被审计单位发过询证函或对账单，直接采用与账面记录核对，确实是一种好办法。
4.一般认为，除了一般贸易及建造合同、大型工程外，预收账款的倩况应是很少有的。实务中，预收国外款比较常见，但是客户往往将预收国外款都挂于其关联方下，而出口发票及发运单、报关单上又没有显示购款单位，中国注册会计师没有询证外国（如美国、日本、韩国、德国）的询证函样式（被审计单位有时要求必须是外文的并且是所在国的询证函样式），具体单位及地址。这样，询证就会遇到困难。
而大型建造合同，往往是分期付款，函证内容要包括交货期、总价款、付款期限及方式、维修责任等事项，比较复杂，即使回函也要补充替代性测试。一是如果能取得被审计单位在外汇管理部门的外债登记，则可靠性是相当高的；二是取得销售合同，重点检查销售方式及付款方式、交货期、总价款等内容并与被审计单位账面记录核对；三是通过检查资产负债表日后已转销的预收账款，是否与有关销售发票核对一致（一笔一笔或一批一批地核对）；四是结合存货盘点，检查发货单、出库单，重点关注是否存在已将存货发出长期挂账，而未确认收入，从而推退纳税。
5.预付账款的审计，倩况与预收账款大体类似。大额工程预付账款一般也是有购销（或工程）合同的，也必须辅以替代性测试。一是取得销售合同，重点检查购货方式及付款方式、交货期、总价款等内容并与被审计单位账面记录核对；二是检查该笔债权的相关凭证资料，或抽查资产负债表日后预付账款明细账、收款凭证、银行对账单及存货明细账，核实是否已收到货物，转销预付款，并根据替代检查结果判断其债权的真实性或出现坏账的可能性。
6.其他应收款及其他应付款，这类科目往往反映的是非商品交易的个人往来，尤其是股东借款。这类往来往往是工商、税务部门关注的对象，尤其应引起警惕。
根据本人的经验，对个人及关联方的函证最容易取得，但效果最差，必须进行替代性测试。一是对个人借款，要取得借款协议，检查借款用途（看是备用金还是与生产经营无关的借支）、借款期限、有无利息，有无经审批；二是取得付款凭证（含支票存根及进账单）及银行对账单、收款收据等，检查是否确实支付给职工（或业务员）个人；三是对股东的借款除上述取证外，还要取得其他股东的确认（因为这是公司法规定的股东保障权益，股东借款不一定构成抽资，但有可能损害其他股东利益）；四是凡被审计单位解释不清，不明原因的大额职工借款，应推定为股东借款（因为一般职工是不可能大额借出款的），并取得股东确认；五是对关联公司的借款有一个简便有效的方法，关联公司大多与被审计单位在同一个经营地址或同一城市，这样，将被审计单位与其关联公司的同名应收应付进行核对，如相符，则余额可确认；六是检查财务费用中的利息收入及利息支出，看有无异常的个人利息收入或利息支出。如无，则说明个人借款未计息，反之，如账面无个人借款，财务费用中有个人利息，则有可能存在未入账的个人借款。
这里值得一提的是，函证是证明经济业务存在或发生的最直接的证据，一般要求取得询证回函原件，但有时提交原件确有困难的，复印件、传真件、被审计单位客户对账单本身可以作为重要的佐证材料。
被审计单位与客户之间的订货单、催货、催款电报、传真等也是重要佐证材料。
7.存货盘点程序是无法替代的，但被审计单位由于存货的性质或位置等原因导致无法实施存货监盘，可以考虑实施替代审计程序，获取有关期末存货数量和状况的充分、适当的审计证据。替代审计程序主要包括：一是检查进货交易凭证或生产记录以及其他相关资料；二是检查资产负债表日后发生的销货交易凭证；三是向顾客或供应商函证。技术性盘点有时需要利用专家的工作。一些高科技企业和特殊行业、贵重价高的商品，如软件、煤炭、农产品（如鸡、鸭、鸽、猪、牛、羊、鱼等），一般只能采用经验估计法或测算法，必要时利用专家工作，进行盘点。
8.暂估入账的替代程序。分析暂估入账的合理性，关注暂估入账是否于次月冲回，有无长期挂账的暂估入账；结合存货盘点和付款凭证，以测试是否真实收到货物；检查期后收到的发票，看期末暂估入账是否合理；
9.固定资产所有权和土地使用权的确认及计价。房屋建筑物应取得房产证、土地使用权应取得土地使用权证、运输车辆应取得车辆行驶证。但是，也有的被审计单位是自建房产，这在村办民营企业比较普遍，房产证可能正在办理中。这时可以取得被审计单位的建设豆项批准书、土地使用权证书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证、建设施工安装合同、建筑业发票、付款单据、验收报告等证明其是否为合法工程，是否具有所有权，而且可以确认其价值。土地使用权可以通过国有土地转让或出让协议、竞卖保证金交纳凭证、手白卖成交交易记录、成交确认书以及资产评估公司评估报告和国有资产管理局确认书、付款单据、土地出让金支付凭证、契税交纳凭据等确认其所有权及价值，但这种确认不能证明房产、土地使用权未被抵押，须结合银行借款审计，确认其是否抵押。运输车辆有可能在外地跑业务，这时，可以通过网上查询，或取得车辆信息登记表，或者养路费单据上的抬头证明其所有权。
10.长期股权投资的确认，要函证并取得投资合同、协议、被投资单位经审计的会计报表，但也可以取得被投资单位公司章程、营业执照、验资报告，还可以取得被投资单位工商登记信息表及相关的付款单据（因为这类进账单、缴款单往往注明为投资款）加以确认。
11.有时被审计单位对工资发放表单独保存，这在三资企业比较常见，这时，可以取得被审计单位的绩效考核政策文件，车间及人事管理部门的考勤记录往往是确认工资发放的最好佐证。
非财务信息也是一种间接的证据，这些证据往往是公司管理当局无法控制的，所以它往往比直接的内部证据更具说服力，与直接证据相互印证，对注册会计师发现有价值的线索，确定审计重点领域，合理分配审计资源有重要的指导意义。非财务信息主要有：资产是否抵押（这有助于评价资产质量）、产品市场占有率（这有助于评估销售收入）、新产品开发和服务倩况（这有助于评价持续经营）等。
另外，还有一种方法比较实用，在电子信息飞速发展的时代，不要忘了网络的力量，注册会计师利用网络信息，一定要坚持去粗取精、去伪存真的原则，笔者曾审计过一家商贸公司，该单位在2007年州月通过股权转让取得了某一公司的股权，但是笔者在网上查得该转让股权的单位已于2007年10月宣告撤销（也就是无转让主体资格），后经了解，正是由于即将撤销，所以才转让股权的，而且该股权转让已在工商变更工商登记，并且该公司只是换了一个名字，还在继续经营。如果你要获取被审计单位客户财务信用信息，最好查询各地工商局红盾网、主管部门政务公开网、各级政府王办的信用网站（笔者就经常查询宁波信用网以确定被审计单位债权债务人是否存在），这也是证实被审计单位客户是否真实存在及是否会产生坏账的一条有效途径。
需要指出的是，审计就是一个不断收集审计证据，并对证据进行分析、评价和得出审计结论的过程。
替代性测试毕竟只是在现实获取直接证据困难的倩况下，证实经济业务发生的佐证材料。这种佐证材料的作用发挥，一是有赖于证据的关联性，即所获取的佐证材料一定要与审计目标密切相关，而且所取得佐证材料必须相互印证，形成一系列证据链；二是佐证材料必须充分、适当，并非佐证材料越多越好，上述替代性测试要根据被审计单位具体倩况取证；三是使用这些佐证材料，注册会计师必须具有职业判断能力，分析这些佐证材料的内在逻辑关系，包括反映前后期及经济业务事项过程，才能对经济业务的真实性和余额的准确性作出客观公允的判断。