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近年来，经常有软件企业疑惑一个问题：增值税一般纳税人销售自行开发的软件产品，按17%的税率征收增值税后，根据财税[2011]100号《关于软件产品增值税政策的通知》规定，对其增值税实际税负超过3%的部分，实行即征即退政策。对于企业收到的这部分即征即退增值税款，根据财税[2008]1号《关于企业所得税若干优惠政策的通知》规定，不作为企业所得税应税收入，不予征收企业所得税。那么，该即征即退的增值税款，到底是免税收入还是不征税收入呢？
新文件明确，软件产品即征即退增值税款为不征税收入
近期出台的财税[2012]27号《关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知》第五条明确，符合条件的软件企业，按照财税[2011]100号规定，取得的即征即退增值税款，由企业专项用于软件产品研发和扩大再生产并单独进行核算，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。
实际上，不征税收入与免税收入的一个根本区别在于：不征税收入属非应税收入，而免税收入属应税收入。因此，财税[2008]1号明确软件企业即征即退增值税不作为企业所得税应税收入，就应该理解为不征税收入。
在《企业所得税法》中，免税收入是在“税收优惠”一章中出现的，而不征税收入并未出现在这一章中，这也决定了两者的税收待遇不同。
根据国税函[2010]79号《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》规定，企业取得的各项免税收入所对应的各项成本费用，除另有规定者外，可以在计算企业应纳税所得额时扣除。而财税[2011]70号《关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》，以及此前的财税[2009]87号《关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》都明确，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
此外，软件企业即征即退增值税款要求的其中一个用途，便是由企业专项用于软件产品的研发，而由于不征税收入用于研发费用不能在税前扣除，当然更不能享受税前加计50%扣除的优惠了。不征税收入和免税收入在这种税收待遇上的区别，也正是此前围绕软件产品即征即退税增值税款到底是免税收入还是不征税收入，而引发争议的原因之一。
即征即退增值税款并非一定作为不征税收入
即征即退增值税款作为不征税收入，对企业的主要意义只是延迟纳税，以获得资金时间价值，而且即使企业出现亏损，不征税收入也不会用于弥补亏损，在企业所得税年度纳税申报表上，不征税收入在“纳税调整前所得”之前已经扣除。但正如前文所说，不征税收入并非属于税收优惠，有时甚至会对企业产生不利影响。
那么，软件企业即征即退的增值税款是不是一定就要作为不征税收入？根据国家税务总局[2012]第15号《关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》，企业取得的不征税收入，凡未按照财税[2011]70号规定进行管理的，如未对该资金及以该资金发生的支出单独进行核算，则应作为企业应税收入计入应纳税所得额，依法缴纳企业所得税。从这个规定看，软件企业即征即退的增值税款，并非一定就是作为不征税收入。
实际上，即使企业对即征即退增值税款按照规定管理，从而作为不征税收入，该收入的性质也并非就永远不改变。根据财税[2011]70号规定，企业将符合条件的财政性资金作不征税收入处理后，在5年（60个月）内未发生支出，且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分，应全额一次性计入取得该资金第六年的应税收入总额。当然，该部分资金以后发生的支出，也允许在以后实际发生年度税前扣除。