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由于增值税专用发票（以下简称专用发票）具有直接抵扣增值税税款的特殊功能，社会上一些图谋暴利的不法分子利用增值税专用发票进行犯罪活动，而虚开专用发票是危害最直接、最严重的一种犯罪行为，历来是税务和司法机关共同打击的重点。但在税务稽查实践中，对虚开和接受虚开专用发票的案件进行税务处理时意见不一，原因是税务机关对虚开和接受虚开专用发票案件的处理还存在一些法律问题，这些问题需要在法理上进一步明确。
一、按虚开专用发票票面所列货物的适用税率全额征补税款的规定缺少法律依据
税务机关对虚开专用发票的违法犯罪行为进行处理时，一直按虚开的专用发票票面所列货物的适用税率全额征补税额，其处理依据是：1.国家税务总局（国税发[1995]192号文）第二条及《税收征管法》规定，对纳税人取得虚开代开的专用发票，不得作为增值税合法的抵扣凭证抵扣进项税额。2.国家税务总局（国税函[1995]415号文）规定：对虚开、代开专用发票的，一律按票面所列货物的适用税率全额征补税款，并按《税收征管法》的规定给予处罚。笔者认为上述规定对从严打击虚开、代开专用发票违法犯罪行为，遏止此类违法犯罪行为不无裨益，但是否合于法理值得商榷。
根据刑法第205条第4款规定，从实际发生的案件看，虚开主要有三种情况，一是完全不存在事实货物交易，无中生有，虚构货物交易内容和税额开票，然后由本人或他人利用虚开的发票抵扣税款；二是部分存在事实货物交易，但是以少开多，达到偷税目的；三是存在真实交易但开具第三方发票。根据《增值税暂行条例》第一条规定，必须符合下列条件方可认定为增值税的纳税义务人：第一，增值税纳税主体是单位和个人；第二，应税行为必须发生在中华人民共和国境内；第三，必须实际发生应税货物销售、进口行为和应税劳务（加工、修理修配）。我国增值税税法对销售货物的定义是：有偿转让货物的所有权。销售劳务的定义是劳务的实际施行。根据上述分析，可以得出以下结论：1.如专用发票领购和开具人与受票人之间没有或部分没有实际货物所有权的转让或应税劳务的实际施行。那么，虚开的专用发票上记载的销售行为是虚拟的应税经济行为，事实上不存在。2.根据我国增值税税法规定，增值税纳税义务的发生必须以应税货物所有权有偿转让或应税劳务实际施行为成立条件，即必须是应税经济行为在专用发票领购和开具人与受票人之间事实上存在。因此，虚拟的应税经济行为不发生税法意义上的增值税纳税义务。在此结论的前提下，对虚开专用发票的纳税人如一律按虚开专用发票票面所列货物的适用税率全额征补税款，其在法理上存在问题。
二、对虚开专用发票案件移送司法处理的程序需要进一步规范
实践中，对虚开专用发票案件如何移送司法机关追究刑事责任存在争议。第一种观点认为，虚开专用发票案件属刑事案件，根据刑法和人大常委会的有关规定，应由公安机关移送检察机关起诉，并将追缴的非法抵扣税款和骗取税款移交税务机关上缴国库；第二种观点认为，纳税人为他人虚开后，其票面销售额未计入销售账户核算并申报的，或者为自己虚开又抵扣税款的，或者要求他人为自己虚开又抵扣税款的，在构成虚开专用发票的同时，也已构成《税收征管法》六十三条规定的偷税。税务机关应就偷税行为作出处理，然后以涉嫌虚开专用发票罪移送公安机关处理。
笔者认为，上述观点均有失偏颇。虚开专用发票首先是一种违反专用发票管理规定的发票违章行为，情节严重的才构成刑事犯罪，税务机关当然要行使管辖权，对其进行税法规制。至于第二种观点，纳税人为他人虚开后，其票面销售额未计入销售账户核算并申报的是否以偷税论，就不能一概而论。如果是属虚开的第一种情况的，即完全不存在真实货物交易，那么正如前面所述，虚拟应税经济行为不是税法意义上的增值税应税行为，不实际发生增值税纳税义务，自然也无所谓偷税。因为偷税是逃避纳税义务，有实质上的纳税义务是其成立的前提。如果行为人虚开专用发票的同时，又使用非法进项扣税凭证抵扣税款的，应以偷税论处。如果属虚开专用发票的第二种情况，即有部分存在真实货物交易，那么其未计销售并申报的税额中所含真实交易部分的销售税金应以偷税论处。而为自己虚开又抵扣税款的，或者要求他人为自己虚开又抵扣税款的，笔者也认为符合《税收征管法》六十三条规定，构成偷税。即既构成偷税，又构成虚开专用发票，纳税人以虚开的手段达到偷税的目的，是目的和手段牵连的违法行为。税务机关应先就偷税作出税务处理，然后分别不同情况移送公安机关。
三、对虚开专用发票抵扣税款的偷税手段性质的认定不明确
国税函[1995]564号文将纳税人非法取得虚开专用发票并把该发票上注明的税额记入“应交税金”作进项税额，构成“在账簿上多列支出……”的行为。笔者认为利用非法取得虚开的专用发票申报抵扣偷税，其偷税手段是虚假申报，而不属于“在账簿上多列支出……”的行为。因为“支出”是相对于收入而言的，增加进项税金并不意味着应税收入的减少，而只是减少应缴税金，影响申报的真实性。另外，如果记入“应交税金”的虚开发票进项税额尚未全部实现抵扣，那么，其偷税额应是已实现抵扣的税额，尚未实现的抵扣税额属《税收征管法》六十四条第一款规定的编造计税依据。