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新企业所得税法与原企业所得税暂行条例在纳税人的界定上存在较大差异。原条例采用按独立经济核算标准来判定，也就是只要同时满足“在银行开设结算账户；独立建立账簿，编制财务会计报表；独立计算盈亏。”三个条件，便可作为企业所得税的纳税人。这样规定就将总机构设立的不具备法人资格的分支机构也作为企业所得税的纳税人，总机构和分支机构可以分别纳税。而新税法采取以法人作为判定纳税人的标准，对居民企业在中国境内设立不具有法人资格的分支机构采取汇总计算并缴纳企业所得税的办法。这是所得税制度发展的方向，符合国际惯例，也是发展市场经济、建立现代企业制度的必然要求。但在执行新税法预缴税款的过程中也不可避免地会产生一些需要探讨并加以解决的问题。
一、现行总分机构预缴税款管理制度的有关规定
各分支机构均由总机构汇总计算税款，在现行的财政管理体制下，很可能会造成分支机构所在地减少一块财政收入，即分支机构所在地的税源被合法地转移到了总机构所在地，影响到分支机构所在地地方政府的财政利益。为有效解决这个问题，财政部、税务总局根据“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的原则，制定了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》，确立了总分机构所在地政府的分享比例和办法。总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。对于需就地预缴税款的分支机构，其分配的比例按各分支机构经营收入、职工工资和资产总额占各分支机构三个因素总和的比例进行计算。总机构应按照以前年度（1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度）分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素计算各分支机构应分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。计算公式如下：某分支机构分摊比例=0.35×（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）＋0.35×（该分支机构工资总额/各分支机构工资总额之和）＋0.30×（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）。该税款分摊比例按上述方法一经确定后，当年不作调整。各省、区、直辖市的财政厅、税务局依据上述规定又进一步明确了本省、区、直辖市跨区（县）经营总机构、分机构所在地政府分享比例。这在一定程度上解决了分支机构所在地财政利益受损的矛盾。
二、现行总分机构预缴税款管理制度的不足
为了解决好总机构汇总纳税，以及总分机构之间采用通过加大分支机构的费用支出，降低分支机构对总机构关联交易的销售价格等方式，达到将分支机构所在地的税源转移到总机构所在地的现象，出台了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》。但是，由于预缴税款计算方法设计的还不够科学合理，采用的是以经营收入、职工工资、资产总额等与经营效益无直接关系的三项指标及权重比例来划分各分支机构的预缴税款，很明显，可能会造成将盈利分支机构所在地的税源通过合法的途径转移到其他分支机构或总机构。另外，当前我国税源监控措施还不够完善，财政预算管理体制也还不能够完全与之相适应，究其原因，主要是存在三个突出的制约因素：一是，税务机构利用网络信息监控税源的程度还不高，纳税人汇总纳税数据资料传递的真实性、预缴税款划分的合理性，税务机关都无法适时动态准确掌握，无形之中增加了税源监控的难度；二是，从我国税收征管权限划分以及管理的现状来看，总机构及各分支机构很可能会涉及到不同行政区域的多家国、地税机关，全国不同行政区域的国、地税之间还没有能够实现网络连接，既是地税系统自身的网络能够实现有效连接的也十分有限，税务系统内部协作监管税源的有效机制在近几年还不可能顺利实现；三是，我国财政预算管理体制实行的是分灶吃饭，不同行政区域财政利益划分的十分清晰，目前还不够规范透明的总机构确定的预缴税款比例，汇总清算的过程，财政分配的情况等都还不能满足现行财政预算管理体制的需要。
三、进一步完善总分机构预缴税款管理制度的具体措施
跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法和有关配套措施已经实施，从实施的效果来看，仍然存在不少的实际问题，影响到了预缴税款工作的顺利开展，仅从塔城地区辖区内跨地区经营的总分机构来看，就有相当部分的纳税人未按照规定及时合理地划分预缴税款的比例。笔者从如何进一步完善税款预缴管理办法的角度考虑，建议从以下几方面入手规避这些问题。
（一）、在“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的总原则下，改变现行按“经营收入、职工工资、资产总额”三项指标及依其权重比例划分预缴税款的做法。采取按“独立经济核算”标准来判定分支机构是否具备预缴税款的条件，对具备条件的分支机构只要是盈利的，以其实现的盈利额直接计算应纳税所得额，按50%的比例预缴税款；不赢利的分支机构将不再预缴税款；总机构平时也不划分预缴税款比例，待年终汇总清算，多退少补，财政调库。
（二）、依法核定征收税款的纳税人不实行汇总纳税制度。在税收征管的现实中确有这样一种情况，即总机构和分支机构都实行了核定征收税款，但国税函[2008]747号却规定，跨地区汇总纳税企业的所得税收入涉及到跨区利益，跨区法人应健全财务核算制度并准确计算经营成果，不适用企业所得税核定征收办法。这个规定在实际操作中是无法完全实现的，纳税人财务核算的情况受行业特点、管理水平、企业规模等多种因素影响，少数纳税人财务核算不健全是无法回避的现实。税务机关应建立科学规范的评价体系，对确属核算不健全的纳税人或分支机构可以不实行汇总纳税。
（三）、建立总分机构所在地税务机关合作管理的工作机制。汇总纳税的纳税人总分机构多数是跨省、跨地区、跨县（市）而设立的，仅依靠总机构主管税务机关要对各分支机构进行税源监管，难度很大。跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法的核心是解决了总机构如何在跨地区间划分预缴税款，没有解决总分机构之间如何协作加强纳税人的税源监管问题。需要进一步明确各分支机构主管税务机关的监管职权，形成总分机构所在地税务机关合作监管的工作机制。
（四）、明确分支机构主管税务机关核定预征税款的权限。从目前新税法执行的情况看，确实存在总机构不及时和不真实向分支机构提供企业所得税分配表的情况，导致了分支机构无法就地申报预缴企业所得税。分支机构所在地主管税务机关经核实认为收到的分配比例与实际情况不符的，可以先按分配的税额预缴，并向总机构所在地主管税务机关提出书面复核建议，但对没有按时收到分配比例或总机构所在地主管税务机关对疑义未及时答复的，分支机构所在地主管税务机关应要求分支机构按当期盈利计算的应纳所得税（或上年同期应纳所得税）的50%预缴。
思考问题的角度不同，解决问题的方法各异。对于各分支机构如何才能按照现行税法预缴税款管理制度，更加合理地划分预缴税款，确保预缴税款及时足额入库，在具体操作中，还会有更多更好的方法值得我们探讨和借鉴。