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甲制药企业系某上市公司的第二大股东，从2000年起至2005年股权分置改革前持有该上市公司国有法人股比例11.79％，属于“大小非”概念中的“大非”，即持有总股本5%以上股份的非流通股股东，就限售股类型而言属于A股股改限售股。根据中国证监会2005年9月4日颁布的关于发布《上市公司股权分置改革管理办法》的通知（证监发〔2005〕86号）规定，随着“大小非”的解禁，该公司先后于2007年度及2009年度通过集中竞价交易的方式先后减持了股份120.5万股和360.27万股，分别获得投资所得800万元（占当年应纳税所得额62%）及1800万元（占当年应纳税所得额85%）。在2009年度汇算清缴期间，该企业财务人员对其企业2007及2009年度的股权减持所得（即股权转让所得），按照《国家税务总局关于做好2007年度企业所得税汇算清缴工作的补充通知》（国税函〔2008〕264号）的规定，将其股权转让所得按5年期限平均计入所属年度的应纳税所得额。即2009年度计入应纳税所得额520万元〔包括由2007年度分摊计入的应纳税所得额160（800÷5）万元和2009年度的减持所得按五年分摊计入的360（1800÷5）万元〕，并进行了汇算清缴。主管税务机关审核后，要求其将2009年度股权转让所得1800万元全额计入2009年度应纳税所得额，不得按五年分摊入计入各年度应税所得。财务人员对此不解，认为同为股权减持，处理为何不同？
这里首先应予指出的是，该企业2009年度的“大非”减持所得，应全额并入所属年度的应纳税所得额，不得按5年期限进行分摊。国税函〔2008〕264号文件是为了做好2007年度企业所得税汇算清缴工作下发的补充通知。该文件规定，企业在一个纳税年度发生的转让、处置持有5年以上的股权投资所得、非货币性资产投资转让所得、债务重组所得和捐赠所得，占当年应纳税所得50%及以上的，可在不超过5年的期间均匀计入各年度的应纳税所得额，即作递延处理。而2008年开始实施新《企业所得税法》以后，为保持税收政策的延续性，《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函〔2009〕98号）对国税函〔2008〕264号文件中包括股权转让所得在内的递延所得的处理作出明确规定，即企业按原税法规定已作递延所得确认的项目，其余额可在原规定的递延期间的剩余期间内继续均匀计入各纳税期间的应纳税所得额。因此，甲制药企业2008年度以后发生的“大小非”减持所得不再适用递延处理的规定，而应全额一次性计入当年的应纳税所得额。
本例中甲制药企业2007年度的股权转让所得符合按5年均衡分摊的条件，甲企业2007年度的股权转让所得如果符合文件规定，可以在2007年~2011年度每年按160万元计入相应所属年度的应纳税所得额。
甲企业2009年度的股权转让所得1800万元，通过上述政策分析也就不再执行上述递延所得政策的时限性和限制性条件的规定，不得分摊而应全额计入当年的应纳税所得额。同时，根据国家税务总局关于印发《企业所得税汇算清缴管理办法》的通知（国税发〔2009〕79号）第十条的规定，纳税人在汇算清缴期内发现当年企业所得税申报有误的，可在汇算清缴期内重新办理企业所得税年度纳税申报。因此，甲企业可在汇算期内，对上述所得进行纳税调整，重新填报企业所得税申报表，并在规定时限内完成2009年度汇算清缴。