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2006年，A市甲房地产公司花费巨资6亿元从乙国有房地产公司购入一在建工程项目。由于A市国土部门严格控制国有企业的土地使用权转让，因而在该在建工程项目转让中，对土地使用权转让要求通过土地储备中心以招拍挂的方式出让，后以4.5亿元转让给甲公司，政府土地储备中心出具4.5亿元的票据给甲公司；而对在建工程建筑物部分，乙房地产公司以1.5亿元销售给甲公司，甲公司取得销售不动产发票1.5亿元。
2008年，甲公司对购置的在建项目开发后进行预售，但在对甲公司销售不动产营业税计税额确定上，税企双方产生了激烈的争论。双方主要争论的税收政策是《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）文件，该文第三条第二十款规定“单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。”
根据上述规定，可以按差额征税的是指“单位和个人销售其购置的不动产，以全部收入减去购置不动产购置原价后的余额为营业额”和“单位和个人转让受让的土地使用权，以全部收入减去受让土地使用权的受让原价后的余额为营业额”两种情况，即营业税差额征税只限定于：销售其购置的不动产和转让其受让的土地使用权。而作为房地产开发企业，一般情况下是先受让土地使用权后，再开发销售不动产房屋，即其销售的不动产不属于“购置的不动产”，因而不能适用于财税[2003]16号差额征税的条款。
那么，甲公司如何进行差额征税呢？是按销售额减6亿元的差额征税，还是按销售额减1.5亿元差额征税呢？
税务机关认为，甲公司取得的不动产发票标明金额为1.5亿元，另外的4.5亿元取得的是土地交易中心的票据，属于土地使用权的受让款。因而，其开发后销售的不动产计算营业税时，应按购置不动产的购置原价1.5亿元作为减除额，以销售额减1.5亿元按差额计征营业税。
甲企业认为，甲、乙企业之间的交易不可能是单纯的转让土地使用权交易，因为单纯的转让土地使用权交易是被《城市房地产管理法》所禁止的。因此，应该是转让在建工程的交易，即属于直接“销售不动产”和“购置不动产”，而不是分解为“转让土地使用权”和“销售不动产”两项行为。其次，根据《物权法》第一百四十七条之规定：“建筑物、构筑物及其附属设施转让、互换、出资或者赠与的，该建筑物、构筑物及其附属设施占用范围内的建设用地使用权一并处分”。显然，转让建筑物的，土地权一起转让。可见，转让建筑物必须导致土地使用权的转移，甲企业购置的不动产应包括土地权，应按6亿元作为减项按差额计征营业税。
笔者认为，本案例中，甲公司将购置的项目开发后销售，应该按销售额减去6亿元后的差额作为营业税计税依据。主要理由和依据：一是乙公司当初销售给甲公司的在建工程项目，虽然形式上分为转让土地使用权和销售不动产，但是实际上是一项行为。土地交易中心将土地使用权从中分开转让，只是一种土地使用权管理或定价方式的需要，并不改变整个项目一并转让的法律事实和《物权法》等法律要求。事实上，土地使用权证也是会由乙公司直接转移到甲公司名下，而不会由乙公司转至土地储备交易中心，再由储备交易中心转至甲公司。二是《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）第二条第（七）项规定：单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：1、转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中“转让土地使用权”项目征收营业税。2、转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按“销售不动产”税目征收营业税。根据上述政策，乙公司转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，税务机关应按“销售不动产”征税，那么，从征税行为前后一致性和连贯性判断，则甲公司接受乙公司在建项目的行为，税收上就应该认定为“购置不动产”行为，其购置价值为6亿元。