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分税制是根据市场经济的原则和公共财政理论确立的一种分级财政管理制度，它将国家的全部税种在中央政府和地方政府之间进行划分，以此确定中央财政和地方财政的收入范围。从我国分税制财政管理体制运行以来的情况看，初步构建了与社会主义市场经济相适应的财政管理体制和运行机制的基本框架，取得了积极的成效。但由于受诸多客观因素的制约，现行分税制还存在有一些不足，亟待进一步调整与完善。
一、现行分税制存在的主要问题
1、上下级政府之间的事权模糊不清，财政与事权不相匹配。分税制财政体制虽然对中央与地方政府的财权、事权都作了原则性规定，但在执行过程中，财权与事权不统一的矛盾依然突出。一方面，“中央出政策，地方出资金”。有些应由中央承担的事务，让地方承担了支出责任。另一方面，中央和地方政府在安排专项资金上存有不合理的交叉扯皮现象。再一方面，分税制财政体制横向调节力度不够，拉大了地区间的贫富差距。
分税制财政管理体制改革的出发点之一是承认既得利益，在调节地区间的差距上没有采取直接有效的措施，只是希望中央通过在财政收入增量分配中多得财力，同时实行转移支付制度来缩小地区间的收入差距。然而，新出台的一些政策措施还不自觉地拉大了地区间的收入差距。如分税制财政体制在新增收入的分配上实行“一刀切”的上缴和留成办法，忽视了经济发达地区和欠发达地区的差别。客观上使得一些高比例留成的经济欠发达地区财政收入虽大幅度增长，但可用财力占财政收入的比重却在逐年下降。而原来一些低比例分成的经济发达地区得到了更多的财政利益。这种逆向分配的格局，进一步加剧了地区间的贫富差距。
2、财政收入预算级次的划分不够规范，国地税收征管不协调，地方税收体系越来越弱化，地方财政收入的空间受到严重挤压。表现在：
一是没有完全遵循分税的原则。比如铁道、民航等部门的所有税种均作为中央财政收入，不符合分税的原则。
二是税收返还的办法既不合理，也不规范。现行分税制财政体制规定，中央对地方的税收返还以1993年为基数逐年递增的。没有按“两税”实际增量的绝对额返还，存在重复打折的现象。
三是征收不协调。实行分税制以后，税收征管机构分设为国家税务局和地方税务局，由于财政收入级次划分的不规范，同一税种（如企业所得税）有的同时需要国地税两套机构双重征管，直接导致中央与地方税收征管的“越位”和“缺位”，既不利于提高税收效率，也加大了税收成本。
四是存有不适应市场经济的发展的地方。目前，在我国财政收入的构成中，中央税收和共享税占全部财政收入的70%左右，而地方税收的比重很小，尤其是近几年呈相对下降的趋势。
3、税收立法滞后，地方政府没有相应的税权，税收管理制度不健全。现行税制中，只有少数的税收法规是由立法机构正式立法的，多数是以暂行条例等形式出现的。税收调节社会经济的功能明显滞后；税收管理制度不健全，尤其是地方税的征管缺乏规范性；行政性收费、各种基金名目繁多，“费改税”进展缓慢。与此同时，地方政府税权仅限于在地方税征收管理上制定一些具体的征收办法和补充措施的权力。这与分税制的要求相比差距较大，与中央赋予地方政府的权责不相称，这不利于发挥地方政府管理税收的积极性，也不利于规范完善地方财政的分配关系。
4、转移支付制度不完善。主要表现在：
一是一般性转移支付制度还不规范。分税制改革后实行的税收返还，按照国际货币基金组织实行的政府财政统计口径，也是一种转移支付形式。但是，这种办法是在原体制基数法上演变过来的，对由于历史原因造成的地区间财力分配不均的格局基本没有触动。同样，目前实行的体制补助和上解更是从原来体制延用过来的。这些返还和补助，由中央财政列支拨出返给地方，中央不规定用途，由地方自主安排使用，从性质上讲属于一般性转移支付，但由于其决定因素不是地方标准收入和支出的差额，而是新旧体制衔接过程的既得利益补偿，因此，对均衡地方财力、解决地区间公共服务水平差异的作用并不明显。1995年后虽然采用过渡期转移支付办法，对困难地区增加一些补助，但由于中央财政困难，这部分相对规范的转移支付数量有限，均衡作用不大。
二是中央对地方专项补助（拨款）分配和使用与财政分级管理的原则不相适应。相当部分专款用于地方事权范围和支出，体现中央事权和宏观调控的作用不够。分配的办法也有待进一步规范。三是中央政府有关部门管理的某些补助地方的资金，如预算内基本建设投资、技术改造、农业开发投资等，还没有统一纳入中央政府对地方的转移支付范畴，与财政转移支付资金的统筹运用存在脱节现象。
二、进一步完善我国分税制的措施
1、进一步明晰上下级政府之间的事权，合理划分各级财政收支范围。明晰事权是完善分税制财政管理体制，包括建立规范化转移支付制度的基础所在。要结合机构改革和政府职能调整、科学合理界定中央与地方以及地方各级政府之间的事权，尤其要进一步明确划分那些交叉的、界定不清的事权。具体来说应遵循：市场基础原则。
按照市场经济条件下的政府职能，划清政府与企业的事权界限，尤其是要进一步明确界定财政供给范围；范围原则。属于全国（全社会）范围共同事务的事权，由中央政府承担，属于地方（局部）范围的事务由地方承担；效率原则。凡是由地方政府处理，其行政效率最高的事务归地方，由中央政府处理，其行政效率最高的事务归中央；分级原则。需由中央承担的事务，由中央管理，需地方能决策并有能力承担的事务，由地方管理；法律规范原则。事权划分和调整，都应经过法律程序，保持相对稳定；可行原则。将全国的财政资源统筹考虑后，保证各地行政的最低财力需求，确保各级财政的正常运转。
根据上述原则，将中央的事权和财政支出，概括为三类。一是中央政府直接负责的社会事务，经费由中央财政安排，主要包括中央政府的各类行政机构和应由中央政府负责的社会公共事业；二是中央与地方共同承担的社会事务，经费应由中央与地方共同承担，主要包括一些跨区域的基础设施建设和公共安全、环境保护、社会统计、气象观测等公共福利事业；三是中央负有间接责任，但应通过地方政府来具体负责实施的社会事务。诸如基础教育、公共医疗等。中央财政通过对地方一般性转移支付来补助。同时要提出具体的原则、标准和要求，由地方政府来具体实施。其他属于地方的事权，由地方财政相应安排经费。但中央政府应确保经济落后地区行政的最低财力需求，以保证财政的正常运转，使“财权与事务统一”原则的含义明确化、具体化。
在收入划分方面，对某些收入划分进行必要的调整，如企业所得税要取消按行政隶属关系或行业划分的做法，全部实行比例分享，税收返还收入的计算方法应予调整，按实际增量30%予以返还。
2、合理划分中央与地方的税收征管权限，尽快建立和完善地方税收体系，确保中央和地方财政收入增长都有相对的税源基础，充分调动两个积极性。根据我国国情，应赋予地方省级人大适当的税权。如让省级人大在对宏观经济影响较小的地方税种上拥有一定的解释权和税率、税目调整选择权。也可对那些不影响宏观调控和中央税基的地方税种赋予立法权。但省级以下的税权不宜再下放。完善地方税收体系，扩大地方税收规模，保证地方税收。
首先要确定地方税的主体税种，主体税种应同时体现收入功能和调节功能，并根据经济发展的不同阶段进行调整。应逐步完善所得税和财产所得税制度，提高所得税和财产税的地位，逐步使其成为地方税的主要税种。其次可适时出台一些新税种，如遗产赠予税、社会保障税等，加快“费改税”进程，将一些合理的、普遍性的收费或基金改为立法征税，使其中央和地方收入同步增长，充分调动两方面的积极性。
3、强化税法建设，及时修改、完善或出台相关税法。加入WTO后，已经显示出我国税收法律体系还跟不上形势发展的需要，完整的税收法律体系还远远未建成，已有的税收法律关系有待进一步理顺。如在我国边贸进口管理中的税收是按照国别区别对待的，即对不同的国家给予不同的税收优惠，这是不符合税收的最惠国待遇的。再有现行税法规定中一些进口产品既征收增值税又征收营业税，而对于国内的其他同样产品只征收增值税或只征收营业税，这样一来就构成了对国外产品的歧视，是不符合WTO的国民待遇原则的。
再如为了加大吸引外资和引进国外先进技术的力度，在税收方面给予外国在华投资者和外国产品较低的税收负担和较宽的税收优惠，使其享受了“超国民待遇”，对内资企业和国内产品造成很大的不公平，不利于保护民族产业。所以，检查、修订我国的税收法律法规，使其既能够与WTO协议相一致，又能够保护民族产业，是非常必要的。因此，除了要根据WTO规则对现行税法体系进行适应性的修订完善外，还应按照市场经济的规律，对现行税制进行改革，加强税收法制建设。各主要税种及主要的税收征管规则应由立法机关正式立法，以提高税收的立法水平，增强税收管理的权威性；同时对部分不合时宜的税收法规应及时修改、完善。
4、进一步完善政府间的转移支付制度。在分税制的条件下，合理确定转移支付制度，已成为调整地方财政分配关系，实现区域和社会事业协调发展的重要手段。各地应得的转移支付额，应重新计算确定一个初始补助额，这个补助额可用基数年份的实际分成财力与必要事权所需财力间的缺口为基准，既防止地方与中央“博弈”和讨价还价，也可防止困难地区财政入不敷出而不能正常运转。在确定初始补助后，再按现行的转移支付补助公式计算转移支付补助的增量部分，在因素的选择上要尽量选用影响财政支出并切合实际的因素，来核定各地的标准支出数额。
对标准收入的确定应逐步向“纳税申报额*平均入库率”的办法计算，尽量减少“经济税基”不实而带来的负面影响，使标准收入更贴近实际。在转移支付补助项目上可设置一般补助、专项补助和特殊灾害补助三大类。一般转移支付补助主要用弥补财政困难地区的各种刚性财政支出的缺口；专项补助要求受补助的地区按规定用途使用应由地方配套的资金要足额以逐步减少行政专项数额；在拨款模式上采取纵向转移支付为主，横向转移支付为辅；在拨款结构上采用无条件拨款为主，有条件拨款为辅。另外，要按照构建和谐社会的要求，对现行的转移支付制度进行改革，使转移支付能够为构建和谐社会服务。