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现行增值税的会计核算方法主要存在以下不足： 一是“应交税金”科目的属性混淆不清。设置“应交税金一未交增值税”的目的在于将应交、未交的增值税与待扣进项税额区别开来，防止其相互抵冲而超前抵税。现行的“应交税金－应交增值税”科目，其末余额在借方，表示尚未抵扣的进项税额，进项税额是货物的附属品，属企业的流动资产。而“应交税金－未交增值税”在性质上属企业的流动负债。因此“应交税金”－级科目反应映的是其所辖两个明细科目相互抵销后的余额，其属性混淆不清。 二是入库税金的会计核算有违会计核算的“清晰性”。财政部财会相关文件规定，企业应在“应交税金”科目下设“未交增值税”二级科目，核算企业当月上缴上月未交的增值税以及企业月终转入的应交、未交增值税和多交的增值税(由“应交税金一应交增值税”的“转出未交增值税”借方专栏和“转出多交增值税”贷方专栏转入)。这样，对于交纳增值税这项同一经济业务分别在两个不同的明细科目核算，交纳当月增值税则借记“应交税金——应交增值税(已交税金)”科目；交纳上月的增值税则借记“应交税金——未交增值税”科目，从而违反了会计核算“清晰性”原则，使本来较清晰、简单的经济业务变得模糊不清。 三是存货成本缺乏对比性。向一般纳税人购进的货物，其进项税额可以抵扣，成本是无税的，但从小规模纳税人购进的货物，只能取得普通发票，价税是合一的，成本是含税的，由于购进渠道不同，其成本的构成不同，缺乏可比性。当购进货物改变用途(用于在建工程，职工福利等)，按规定其进项税额不予抵扣，应通过“进项税额转出”贷方专栏转到商品成本中。同时导致不同一批存货因使用方向不同，其存货成本产生差异，而缺乏可比性。
四是易使资产负债表结构信息失真。生产企业为了保持生产的持续、稳定，经常一次性购入大量的原材料，商业企业由于季节性销售需要准备足量的库存商品，现行“票到扣税法”、“货到扣税法”、“付款扣税法”势必造成资产负债表结构信息失真，不能正确反映企业的财务状况和税金的交纳情况。
鉴于上述不足的方面，笔者认为对现行增值税会计核算可作如下改进： 首先，在购进货物时，不论是增值税专用发票，还是普通发票，均采用价税分离方法核算存货成本。对于普通发票不能抵扣的增值税记入“管理费用”科目，这既是一种制约，又符合成本法原则。对改变用途的存货，其进项税额转出时，也记入“管理费用”科目。
其次，可将“应交税金——应交增值税”明细科目升格为“增值税”一级科目，下设“待扣税金”三栏式明细账和“进项税额”、“减免税额”、“出口抵减内销产品应纳税额”、“转出未交增值税”、“销项税额”、“进项税额转出”、“出口退税”等七个专栏的多栏式明细账。删除目前“已交税金”、“转出多交税金”两个专栏，保留“应交税金——未交增值税”账户。当企业取得专用发票时，借记“增值税——待扣税金”，待月终持专用发票到税务机关认证符合抵扣时，再结转到“进项税额”专栏，借记“增值税——进项税额”，贷记“增值税——待扣税金”。这样可以协调进项税额核算与税收征管的矛盾，期末(转账前)，比较多栏式明细账借方专栏合计数和贷方专栏合计数，若借方专栏合计数大于贷方专栏合计数，表示尚未抵扣的进项税额，结转到下期继续抵扣；若借方专栏合计数小于贷方专栏合计数，则为本期应交增值税，通过“转出未交增值税”专栏转出，借记“增值税——转出未交增值税”，贷记“应交税金一未交增值税”。这样“增值税”科目期末余额只能在借方，表现为企业的一种待转嫁的流动资产，“应交税金——未交增值税”科目贷方表示转入的未交增值税，借方表示企业已交的增值税，不再划分税款的时间界限。
再次，无论工、商企业均不能以当月购进的进项税额一次性进行抵扣销项税额，建议可改按销售成本比率扣税法进行抵扣。具体做法为：企业当期购进货物时，其进项税额，应全部计入“增值税——待扣税金”账户，月底经税务机关认证后，再转入“增值税——进项税额”专栏。每月终了，工业企业应计算出当期产品销售成本额占产成品总成本额的比率，商业企业应计算出商品销售成本额占商品总成本额的比率，用计算出的销售比率乘以月末“增值税——进项税额”余额，即得到当月抵扣的进项税额。该方法将企业当期进项税额的抵扣与企业当期实现的销售挂钩，即以销定扣，当期销售得多，进项税额就抵扣得多，当期销售和少，就抵扣得少。从而避免少数企业长期不缴税，长期出现零税负或应缴税金出现红字现象。 最后，资产负负债表编制时将“增值税”科目期末借方余额(即留抵税额)到入“其他流动资产”项目中，将“应交税金”科目期末贷方余额(即应交增值税)到入“未应税金”项目中，方能解决资产负债表结构信息失真的问题。