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近两年来，由于企业财务制度的变化和《企业所得税法》的实施，职工福利费的涉税处理政策变动较大。
政策调整情况
自2007年开始，财政部先后下发了《关于实施修订后的〈企业财务通则〉有关问题的通知》（财企[2007]48号）、《关于企业新旧财务制度衔接有关问题的通知》（财企〔2008〕34号），对职工福利费的会计处理进行了调整，要求2007年起企业不再按照工资总额14%计提职工福利费，2007年已经计提的职工福利费应当予以冲回，同时对于应付福利费账面余额为赤字或结余的处理分别作出了具体规定。
此次政策的调整，主要是由于我国社会保障体系的逐步完善，企业正常的福利费开支与过去相比大幅下降，以前应付福利费按照职工工资总额的14%计提，许多企业的应付福利费出现了大量余额，而应付福利费的计提又有抵减企业所得税的作用，大量的应付福利费余额形成了对职工的负债，与企业生产经营没有直接关系，因此取消了按照工资总额14%计提职工福利费的政策。
在企业所得税方面，《企业所得税法实施条例》第四十条中规定，企业发生的职工福利费支出，不超过工资、薪金总额14%的部分，准予扣除。改变了之前《企业所得税暂行条例》中纳税人的职工福利费按照计税工资总额的14%计算扣除的规定，将预提扣除改为了据实扣除，在这一点上与会计规定保持了一致，只是在执行的时间上有差异。
税务处理的过渡衔接
2007年度的企业职工福利费，仍按计税工资总额的14%计算扣除，未实际使用的部分，应累计计入职工福利费余额。企业2008年以前按照规定计提但尚未使用的职工福利费余额，2008年及以后年度发生的职工福利费，应首先冲减上述的职工福利费余额，不足部分按新税法规定扣除。仍有余额的，继续留在以后年度使用。企业2008年以前节余的职工福利费，已在税前扣除，属于职工权益，如果改变用途的，应调整增加企业应纳税所得额。
需注意的是，税收上认可的“职工福利费余额”与会计账务中“职工福利费余额”并不一致，此外2008年《企业所得税法》实施后，税前扣除的职工福利费并不一定等于当年实际发生的职工福利费，当年实际发生的职工福利费要先冲减“职工福利费余额”。在2008年以前，税前扣除职工福利费是“计算扣除”，并不需要以企业在会计处理中预提应付职工福利费为前提，也不需要实际使用，但对于“职工福利费余额”的使用必须是在规定的职工福利费开支范围内。上述税务处理的规定针对的仅是内资企业，不包括外商投资企业从税后利润中提取的职工福利及奖励基金余额。
职工福利费余额的确定
在职工福利费政策变动衔接中，2007年底税收口径的“职工福利费余额”确定至关重要，但这个余额的确定并不容易。在计算方法上，比较简便易行的公式是：职工福利费余额＝历年来允许税前扣除且已申报的职工福利费总额－历年来实际发生职工福利费支出总额。
对于会计上提取的职工福利费大于税前扣除限额，在进行企业所得税纳税申报时要作纳税调增处理，在企业所得税上理解为应当由企业的税后利润来承担这部分费用。
当纳税人税前实际扣除的职工福利费小于税前可以扣除的职工福利费的情况时，基于纳税申报在税收征管中的作用，当纳税人向税务机关办理完企业所得税纳税申报后，申报表及申报数据具有相应的法律效力。如果税务机关认为纳税人申报数据不实，应当通过必要的程序，首先对申报数据不实的情况进行认定，对纳税申报表的数据进行调整，然后依照调整后的数据进行计算。如果纳税人发现税前实际扣除的职工福利费小于税前可以扣除的职工福利费的情况时，可自结算缴纳税款之日起3年内，向税务机关要求退还多缴的税款，经税务机关查实认可后，对于以前年度多缴的税款予以退还，在这种情况下才能按调整后的税前扣除职工福利费计算职工福利费余额。